完全にしてやられた。
先日と同じ環境にて、セクションを作ったファイルをいくつか用意。
index.rstに用意したrstファイルをinclude
すると、各ファイルのセクションがリセットされ、次のファイルを読み込むと一番上のセクションから始まる。
つまり、latex的にpartが一番上のセクションだとした場合は、includeしたファイルの一番最初に出てきたセクションがすべてpartになる。
includeファイルからさらにincludeしたら解決するのかしら(まだやってない)した。そういう流儀らしい。